全身检查可以检查身体各个系统的健康状况，但并不能查出所有疾病。全身检查不能查出疾病包括三高、自身免疫性疾病、心脏疾病等。具体分析如下：
1、三高
一些疾病可能需要进行长期的观察才能发现，如糖尿病、高血压等。
2、自身免疫性疾病
一些疾病可能需要进行特殊的检查才能确定诊断，如风湿病、自身免疫性疾病等。
3、心脏疾病
一些疾病可能没有明显的症状，需要进行特殊的检查才能发现，如肿瘤、心脏病等。
除此之外，还包括肝脏疾病。全身检查虽然可以发现很多疾病，但并不能保证发现所有疾病。如果有特殊的疾病疑虑，需要进行相应的检查和诊断。同时，定期进行全身检查可以及早发现潜在的健康问题，有助于及时治疗和预防疾病的发生。