脑干发育不全的症状主要包括运动障碍、语言障碍、姿势障碍、神经障碍等。
1、运动障碍
通常会导致运动能力低于童年的儿童，并且自我控制能力较差，可能会出现手脚动作不灵活、笨拙，严重时会出现双手不会抓东西，双脚不会行走等异常现象。
2、语言障碍
患者可能会伴有不同程度的语言障碍，例如语言表达困难，或者沟通困难，以及发音不清楚或者口吃，甚至会表现为失语症等情况。
3、姿势障碍
发生疾病以后通常会出现姿势稳定性比较差的情况，例如在静止或者运动的时候，姿势非常别扭，表现为左右两侧不对称等。
4、神经障碍
也可能会使部分患者出现脑认知功能障碍，例如在日常生活中不能自理，以及不能完成特定活动，以及记忆力差、不能学习等现象。