肠道菌群检测目前常用的方法，包括粪便化验、活体组织检查、基因检测等。
1、粪便化验
它是最为常见肠道菌群检测方法。它通过提取受检者粪便物，并送至病理学实验室进行菌落群培养，继而检测粪便物中各类型菌群比例及种类。
2、活体组织检查
这是一种侵入性检查，但准确率相对更高。医务人员会配合肠镜检查，并在结肠末端、直肠等部位进行活体组织取样，配合通常相关病理学培养及成分检测，观察肠内菌群比例及分布。
3、基因检测
肠道菌群也受基因遗传影响，通常对特定基因进行相关排序检测，可对肠道菌群进行初步排查诊断，并有助于后续检查及治疗方案针对性制定。
除上述医学检查，肠道菌群检查方法还可能包括血清学检查等其他方式。