睡醒后只有一个眼睛眨眼疼可能是异物，也可能是过敏、角膜炎等病理因素导致。
1、异物
当眼睛内进入灰尘或者是眼睫毛等异物时，异物与角膜相互摩擦之后所产生的。一般可通过使用生理盐水将眼睛内的异物冲洗出来即可改善。
2、过敏
睡觉的时候如果一只眼睛遭到蚊虫叮咬后局部发生过敏反应时，也会出现睡醒后只有一个眼睛眨眼疼的情况。建议使用色甘酸钠滴眼液、普拉洛芬滴眼液、奥洛他定滴眼液等药物控制过敏。
2、角膜炎
当角膜受到病毒、细菌等病原菌感染之后，在炎症刺激下所引起的。建议遵医嘱局部使用左氧氟沙星滴眼液、红霉素眼膏、妥布霉素滴眼液等药物控制炎症改善症状。
此外，还可能是急性闭角型青光眼等引起，具体需要到医院完善检查后进行治疗。