早上醒来小腹酸半小时可能是由于长时间憋尿或者是前列腺炎、膀胱炎等原因引起的，可以通过及时排尿、饮食调理或者药物治疗。
1、长时间憋尿
睡觉前有大量饮水的习惯，而睡着后无法及时排尿，长时间憋尿会导致膀胱内部压力增大，引起肾功能下降，可能会出现早上醒来小腹酸半个小时的临床表现，一般不需特殊治疗。建议养成良好的排尿习惯，避免憋尿，睡前少量饮水。
2、前列腺炎
前列腺炎属于一种男性常见疾病，与不良的性生活以及病原体感染有关，患病后会引起小腹酸、尿频、尿急、下腹部重压感等。治疗时可谨遵医嘱服用左氧氟沙星片、阿奇霉素片等药物进行消炎、抗菌治疗。
3、膀胱炎
可为急性或者慢性，可能是由于金黄色葡萄球菌、副大肠杆菌等病原微生物感染引起的，会导致膀胱发生炎性病变，可能会出现以上症状，有的还会出现尿频、尿急、尿痛等。建议配合医生服用诺氧氟沙星片、头孢克洛片等抗生素进行消炎。
除以上因素外，还有可能是肠易综合征等原因引起的，需要加以鉴别。